Passando ad una nuova versione(per esempio dalla 0.44b alla 0.44d,o da una mod ad un altra)ci sono alcune cose da considerare:
Di seguito la procedura indicata in una delle tante guide facilmente reperibili in rete

1. Procurarsi l'archivio(binari).zip(o .rar) della versione di eMule/mod che si intende installare.

2. Scompattare l'archivio in una cartella nuova e dedicata alla nuova versione/mod.

3. Dalla vecchia cartella config, copiare nella nuova(config) i seguenti files:

Essenziali

clients.met: che contiene i crediti degli utenti che vi hanno inviato dati.
preferences.dat: che contiene il vostro userhash.
cryptkey.dat: che contiene la chiave pubblica per l'identificazione sicura.

Meno essenziali, ma importanti

known.met: che contiene i dati relativi ai files che avete condiviso.
known2.met: che contiene l'hash A.I.C.H.(Advanced Intelligent Corruption Handling)dei file.
adresses.dat: che contiene l'indirizzo / ad una o piu' liste server.
ipfilter.dat(qualora si utilizzi una lista di ip da filtrare): che memorizza i ranges IP che devono essere filtrati ( nessun trasferimento da e verso questi client).
preferencesKad.dat: per la connessione Kademlia
emfriends.met: è lista degli amici attuali.
server.met: che contiene la lista dei server.

Se la vecchia e la nuova versione hanno lo stesso numero (0.28, 0.29 etc.) potete copiare anche il preferences.ini,inoltre se avete definito delle categorie per i vostri download (versioni 0.27a+) copiate anche il file Category.ini

5. Cancellate dalla directory temp tutti i file, ad eccezione dei: .part, .part.met, .part.met.bak

6. Lanciate il nuovo client e configuratelo completamente, facendo puntare le directory "incoming" e "temp" a quelle usate in precedenza (a tal proposito conviene sempre usare cartelle al di fuori di quella dove è installato eMule, es. C:\Incoming e C:\Temp); un buon accorgimento può essere quello di avere le due cartelle su hard disk diversi.

7. Una volta configurato, o controllata la configurazione del client, chiudetelo.

8. Aprite nuovamente il client di recente installazione.

L’unica versione di emule a seguire una procedura diversa è la PLUS, in quel caso bisognerà aggiungere ai file da copiare dalla vecchia alla nuova cartella, il file userhash.dat.